百日咳（pertussis）是由百日咳鲍特菌感染引起的一种急性呼吸道传染病。百日咳鲍特菌是卵圆形短小杆菌，因此也称之为百日咳杆菌。百日咳鲍特菌只在人体寄生，因此感染来源主要是病人和无症状携带者。百日咳杆菌的外毒素是主要的致病因子，能抑制巨噬细胞的功能、损伤呼吸道纤毛上皮细胞导致阵发性痉挛咳嗽。
百日咳潜伏期5～21天，一般为7～14天，从潜伏期开始至发病后6周均有传染性，尤以潜伏期末到出现咳嗽症状后2～3周传染性最强。病程可长达2～3月，故名百日咳，及时规范治疗是可以缩短病程的。
百日咳病初很像感冒，非典型病例可能无症状，或者仅有轻微咳嗽、有点低热。临床上以阵发性痉挛性咳嗽、鸡鸣样吸气吼声为特征。 奔跑、进食、受凉、烟熏、哭吵、检查咽部等刺激，均可诱发痉挛性咳嗽发作。如无继发感染的患儿一般体温正常，没有发热。新生儿和婴幼儿常无典型痉挛性咳嗽，表现为阵发性屏气发绀，可窒息死亡。
对婴幼儿来说，感染百日咳鲍特菌的父母或共同居住的人员，是其最主要的传染源。